Interno prijavljivanje vrši se na način uređen internim aktom institucije o prijavi i zaštiti uzbunjivača. Svaka institucija je dužna donijeti ovaj interni akt, a on se objavljuje na oglasnoj tabli institucije, a može se potražiti i na web stranici institucije. Nedonošenje internog akta predstavlja prekršaj te će se za ovaj prekršaj kazniti rukovodilac institucije novčanom kaznom u iznosu od 10.000 do 20.000 KM.
Internim aktom se uređuje način internog prijavljivanja korupcije, postupanje po zaprimljenim prijavama, razmatranje zaprimljenih prijava, obaveza obavještavanja lica koje je prijavilo korupciju o poduzetim radnjama, zaštita lica koje prijavi korupciju i druga pitanja koja su vezana za interno prijavljivanje korupcije. Ovim aktom se također određuje nadležna služba, tijelo ili lice za prijem i razmatranje prijave, kao i sadržaj prijave.  
Interna prijava se može podnijeti i neposredno rukovodiocu institucije u slučaju da rukovodilac institucije nije donio interni akt o prijavi i zaštiti ili postupak internog prijavljivanja nije poznat, odnosno ako u prostorijama i na internetskoj stranici institucije nije jasno i na vidnom mjestu istaknuto obavještenje o nadležnoj službi, tijelu ili licu za prijem i razmatranje prijave. Neposredna prijava rukovodiocu se može izvršiti i ako uzbunjivač ima razloga da vjeruje da se ovlašteno lice kojem se prema internom aktu podnosi prijava direktno ili indirektno dovodi u vezu s koruptivnom radnjom.
Zakon ne reguliše način podnošenja prijave, ali Model pravilnika o internom prijavljivanju korupcije i zaštiti lica koje prijavi korupciji, koji je predložen institucijama od strane Agencije za prevenciju korupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije, propisuje da povjerljivo interno prijavljivanje može biti pismeno ili usmeno. 
Prema ovom modelu, kada se se prijavljivanje vrši u u pisanoj formi prijava mora da sadrži informaciju o djelu korupcije ili druge nepravilnosti koja se prijavljuje sa činjeničnim opisom, ime, prezime i naziv radnog mjesta zaposlenog na kojeg se prijava odnosi, prijedlog o dokazima, odnosno predmetima koji služe kao dokaz, materijale koji potvrđuju navode zahtjeva (u smislu pismenih dokaza, u prilogu), ime, prezime, poziciju (radno mjesto) i svojeručni potpis lica koje je podnijelo prijavu. Poseban obrazac za prijavljivanje korupcije nije propisan.
Kada se prijavljivanje vrši usmenim putem, lice kojem je prijava podnesena dužno je o prijemu iste sačiniti službenu zabilješku.

Zakon ne reguliše postupanje po prijemu interne prijave. Međutim, Model pravilnika o internom prijavljivanju korupcije i zaštiti lica koje prijavi korupciji, koji je predložen institucijama od strane Agencije za prevenciju korupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije predviđa da rukovodilac institucije odredi lice koje je ovlašteno provesti prethodne radnje utvrđivanja osnovanosti prijave. Prethodne radnje osnovanosti navoda iz prijave i utvrđivanje pravne kvalifikacije prijavljenog djela se provode u roku od 10 dana od dana dobijanja zaduženja, a o ishodu ovih radnji se informiše rukovodilac institucije. O poduzetim prethodnim radnjama se obavještava podnosilac prijave, najkasnije u roku od 15 dana od dana prijema prijave. Anonimni podnosilac prijave će biti obavješten o poduzetim prethodnim radnjama ako postoji odgovarajuća mogućnost komunikacije (npr. anonimni email).

Lice koje je ovlašteno za provođenje prethodne radnje i utvrđivanje osnovanosti prijave dužno je svaku internu prijavu detaljno razmotriti. Ovo obuhvata neposredni uvid u predmete, akte i službene prostorije institucije kao i uzimanje izjave od državnih službenika, zaposlenika i drugih zaposlenih u instituciji vezano za predmet prijave. Na osnovu nalaza, lice koje je ovlašteno za provođenje prethodne radnje daje mišljenje o osnovanosti prijave i eventualnoj pravnoj kvalifikaciji djela.

Ukoliko je utvrđena osnovanost prijave, radnje koje mogu biti poduzete uključuju pokretanje disciplinskog postupka protiv odgovornog lica, informisanje nadležnog tužilaštva ukoliko djelo ima obilježja krivičnog djela, te  radnje radi sprečavanja daljeg nepravilnog postupanja i otklanjanja štetnih posljedica počinjenog djela.  

Uzbunjivač može eksterno prijaviti korupciju u slučaju kada postupak po internom prijavljivanju traje duže od 15 dana.  Eksterno prijavljivanje se također može vršiti ukoliko uzbunjivač smatra da je interni postupak po prijavi bio nepravilan ili uzbunjivač ima razloga da vjeruje da se ovlašteno lice kojem se prema internom aktu podnosi prijava, ili rukovodilac institucije, direktno ili indirektno dovode u vezu s koruptivnom radnjom.

Ukoliko se eksterna prijava podnosi Agenciji za prevenciju korupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije, ovo se može učiniti putem pošte, uključujući elektronsku poštu, ili lične prijave. Informacije o podnošenju prijave putem pošte se nalaze na sljedećem linku http://www.apik.ba/ContactMailBA.aspx?langTag=bs-BA. Upute za podnošenje lične prijave se nalaze na linku http://www.apik.ba/kontakt/default.aspx?id=1253&langTag=bs-BA. 

Na web stranici Agencije za prevenciju korupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije istaknut je i broj za besplatnu telefonsku liniju – 0800 54321 putem koje se može prijaviti korupcija.

Poseban oblik zaštićenog prijavljivanja je javno objavljivanje ili na drugi način činjenje javno dostupnim informacija koje ukazuju na korupciju. 

Javno prijavljivanje je moguće izvršiti pod uslovom da uzbunjivač sumnja da će biti izložen štetnim mjerama od određenog lica, ili da, u slučaju zaštićenog prijavljivanja nadležnim autoritetima, neće biti preduzeta adekvatna radnja, ili da će dokazi i informacije biti prikriveni ili uništeni, ili da je ista informacija prijavljena nadležnim autoritetima, a u zakonskom roku nije preduzeta adekvatna mjera. 

Zakon pruža administrativnu zaštitu uzbunjivaču putem dodjeljivanja statusa uzbunjivača licu koje u dobroj vjeri podnese prijavu o postojanju korupcije, bez obzira da li je nastupila neka od štetnih mjera ili prijavitelj samo sumnja da bi se prema njemu mogla preduzeti štetna mjera, kao i putem nalaganja korektivnih mjera institucijama radi otklanjanja štetnih radnji koje se poduzimaju prema uzbunjivaču u vezi sa prijavom korupcije. 

Zaštita se primjenjuje od dana podnošenja prijave korupcije.

Štetne radnje su one radnje kojima poslodavac nanosi štetu zaposlenom radi odvraćanja od prijavljivanja korupcije. Štetna radnja je i radnja koja predstavlja čin odmazde protiv zaposlenog koji je prijavio sumnju na korupciju. 
Prema Zakonu, štetne radnje obuhvataju donošenje rješenja o prestanku radnog odnosa, otkaz ugovora o radu, suspenziju s radnog mjesta, postavljanje na niže radno mjesto, proglašavanje prekobrojnim, pokretanje disciplinskog postupka, ucjenjivanje ili davanje negativne ocjene, stvaranje neprijateljskog radnog okruženja, te izostanak poslovnog angažmana. 

Status zaštićenog uzbunjivača dodjeljuje Agencija za prevenciju korupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije u roku od 30 dana od dana podnošenja zahtjeva u pisanoj formi uz prilaganje dokaza o prijavljivanju korupcije. Ukoliko uzbunjivač ne dostavi dokaz o prijavljivanju korupcije, Agencija će mu zatražiti dostavljanje ovog dokaza u naknadnom roku. Ako dokaz ne bude dostavljen ni naknadno, smatraće se da je prijavitelj odustao od zahtjeva za dodjeljivanje statusa zaštićenog uzbunjivača i podneseni zahtjev će biti odbačen. Agencija je dužna obavijestiti prijavitelja korupcije o dodjeli statusa zaštićenog uzbunjivača u pisanoj formi.